Việc rà soát quy hoạch và xây dựng các dự án thủy điện còn rất nhiều tồn tại.
kiểm tra tại một số DATĐ lớn, chủ đập đã thực hiện đúng theo quy định tại Giấy phép khai thác, sử dụng nước mặt do cơ quan quản lý nhà nước về môi trường phê duyệt. Đối vấn đề phát sinh nhu cầu nước cho hạ du tại DATĐ An Khê - Ka Nak, Bộ Công Thương đã phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường và địa phương xem xét, chỉ đạo Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) xả duy trì lưu lượng 4 m3/s (cao hơn so với mức yêu cầu 2,2-3,56 m3/s trong Báo cáo đánh giá tác động môi trường của dự án đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt). Tại tỉnh Quảng Nam, trong thời gian qua, các công trình thuỷ điện A Vương và Đăk Mi 4, Sông Tranh 2 và Sông Côn 2 đã xả nước phục vụ sản xuất nông nghiệp và chống hạn theo yêu cầu của địa phương; trong đó, thủy điện Đak Mi 4 xả lớn hơn hoặc bằng lưu lượng nước đến hồ chứa; thủy điện A Vương đã xả lượng nước gấp 1,5 đến trên 2 lần lưu lượng nước đến hồ chứa trong các tháng 3 đến tháng 5/2012.
Về quy trình vận hành hồ chứa, kết quả đánh giá cũng như ý kiến của các cơ quan, đơn vị cho thấy, việc vận hành điều tiết xả lũ tại các hồ chứa không vi phạm quy trình đã phê duyệt. Các hồ chứa đã tham gia cắt giảm lũ cho hạ du, không xả lớn hơn lưu lượng lũ về hồ chứa trong thời gian lũ lên. Việc đánh giá “lũ chồng lũ” hoặc “thủy điện gây lũ nhân tạo” như một số phương tiện thông tin nêu là không có cơ sở, tạo dư luận không tốt về ý nghĩa của các hồ chứa thủy điện. Mặc dù vậy, một số công trình mới hoàn thành hoặc đang trong thời gian xây dựng, do thiếu kinh nghiệm vận hành nên chưa thực hiện đầy đủ quy định về công tác đảm bảo an toàn phòng chống lụt, bão hoặc chế độ phối hợp, thông tin với các cơ quan liên quan khi vận hành xả lũ. Về vấn đề này, Bộ Công Thương đã chỉ đạo và các đơn vị đã kiểm điểm trách nhiệm đối với các đơn vị cá nhân liên quan.
Bộ Công Thương cho biết công tác bồi thường, hỗ trợ, di dân, TĐC, định canh tại các DATĐ tuy đã cơ bản tuân thủ đúng các quy định hiện hành có liên quan nhưng vẫn còn một số vấn đề tồn tại cần giải quyết. Tại các DATĐ lớn, công tác này thường kéo dài theo tiến độ xây dựng công trình, trong khi các quy định liên quan thay đổi theo hướng tăng quyền lợi cho người dân. Hiện nay, công tác bồi thường, hỗ trợ, di dân, TĐC của các DATĐ thực hiện theo quy định tại nhiều văn bản pháp quy nên khi triển khai gặp không ít khó khăn, phát sinh khiếu kiện, đòi hỏi quyền lợi của người dân. Do vậy, hầu hết các tỉnh có DATĐ đều kiến nghị Chính phủ xem xét hợp nhất các văn bản này.
Bên cạnh đó, công tác tư vấn, thẩm định, phê duyệt phương án và thực hiện bồi thường, hỗ trợ, di dân, TĐC và định canh tại một số dự án cũng chưa thực hiện theo đúng quy định. Vì vậy, đã gây thiếu sót diện tích đất phải đền bù, không đủ đất tái định canh, người dân không chịu nhận đất sản xuất hoặc không vào khu TĐC, các công trình hạ tầng và công cộng được xây dựng chưa đồng bộ hoặc xuống cấp nhanh…. Đồng thời, quá trình giải quyết các vấn đề liên quan giữa chính quyền địa phương và chủ đầu tư chưa chặt chẽ cũng làm chậm tiến độ dự án, ảnh hưởng không tốt đến đời sống sinh hoạt và sản xuất của người dân.
Căn cứ theo Nghị định số 23/2006/NĐ-CP ngày 3/3/2006 của Chính phủ, cơ quan cho phép chuyển mục đích sử dụng rừng sang mục đích khác phải đảm bảo việc đầu tư trồng rừng mới thay thế. Tuy nhiên, việc thực hiện quy định này tại nhiều địa phương gặp khó khăn, chủ yếu do không còn quỹ đất. Mặt khác, việc giám sát tận thu lâm sản khu vực dự án và công tác quản lý, bảo vệ rừng ngoài mặt bằng công trình tại một số DATĐ chưa chặt chẽ đã tạo điều kiện cho lâm tặc lợi dụng các tuyến đường thi công, vận hành của công trình thủy điện để chặt phá khai thác rừng trái phép. Sau khi có hồ chứa thủy điện, do thuận lợi hơn trong việc bơm tưới nên người dân đã chặt phá rừng, khai hoang trái phép trên các bờ hồ để làm đất canh tác như tại DATĐ Buôn Tua Srah thuộc địa bàn các tỉnh Đắk Nông và Đắk Lắk. Tại khu vực Tây Nguyên, một trong những yếu tố liên quan đến vấn đề này là việc người dân di cư tự do từ các tỉnh khác đến đã chặt phá rừng để làm nương rẫy và đất ở.
Theo quy định hiện hành, trước khi phê duyệt đầu tư DATĐ, chủ đầu tư phải lập và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường. Trong đó, đã xem xét các tác động của dự án đối với MT-XH; quy định các biện pháp giảm thiểu tác động tiêu cực cần thực hiện trong quá trình thi công và vận hành công trình. Tuy nhiên, tại một số DATĐ đang thi công xây dựng, việc bố trí đổ thải chưa hợp lý, công tác thu dọn vệ sinh lòng hồ không triệt để, chưa kịp thời xúc dọn đất đá sạt lở hoặc khơi thông rãnh thoát nước trên đường thi công...đã làm ảnh hưởng chất lượng nước, môi trường và cảnh quan trong khu vực.
Các DATĐ đều có đập dâng tạo hồ chứa với dung tích nước nhất định. Nhiều hạng mục công trình thường xuyên chịu áp lực cao như đập dâng, các cửa van, đường ống áp lực..., trong khi đó phía hạ du là dân cư và các công trình hạ tầng kinh tế - xã hội. Vì vậy, việc đầu tư xây dựng các DATĐ đảm bảo an toàn và đạt hiệu quả có ý nghĩa quan trọng về mặt xã hội. Bộ Công Thương phân tích, hiện nay, theo quy định tại các Nghị định của Chính phủ số 12/2009/NĐ-CP ngày 10/2/2009 và số 83/2009/NĐ-CP ngày 15/10/2009, cơ quan đầu mối thẩm tra Dự án đầu tư của chủ đầu tư chỉ phải lấy ý kiến các cơ quan nhà nước có liên quan về dự án; nếu cần thiết thì mới lấy ý kiến của cơ quan quản lý ngành về Thiết kế cơ sở. Với quy định này, chủ đầu tư dự án có thể không thống nhất với ý kiến của các cơ quan nhà nước có liên quan, trong khi nhiều chủ đầu tư chưa có kinh nghiệm, thiếu cán bộ chuyên ngành về thủy điện. Nhiều đơn vị tư vấn có năng lực yếu, chưa thực hiện đúng các quy định về quản lý chất lượng công trình xây dựng theo Nghị định số 209/2004/NĐ-CP ngày 16/12/2004 của Chính phủ và các quy định có liên quan khác.
Một vấn đề còn tồn tại nữa là Nghị định số 112/2008/NĐ-CP ngày 20/10/2008 của Chính phủ quy định các DATĐ phải xả dòng chảy tối thiểu cho hạ du đáp ứng nhu cầu nước cho sinh hoạt, nông nghiệp, môi sinh, môi trường...Tuy nhiên, hiện chưa có hướng dẫn cụ thể để xác định dòng chảy tối thiểu, làm cơ sở xem xét quy hoạch và thiết kế các DATĐ. Nếu lưu lượng xả quá lớn sẽ không đảm bảo vận hành phát điện ổn định về mùa kiệt và giảm đáng kể hiệu quả đầu tư so với tính toán ban đầu. Tuy nhiên, để tiết kiệm tài nguyên nước và năng lượng, phát huy lợi ích tổng hợp của hồ chứa, các địa phương cần chỉ đạo chặt chẽ việc sử dụng nước, đánh giá khách quan về tình hình thủy văn để đề xuất chế độ xả nước hợp lý cho nhu cầu tưới và phát điện.
Để đảm bảo việc đầu tư xây dựng thủy điện đáp ứng các yêu cầu kinh tế-xã hội, môi trường, Bộ Công Thương kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét và Phê duyệt danh mục các DATĐ loại khỏi quy hoạch và danh mục các DATĐ tạm dừng, chưa cho phép đầu tư xây dựng trước năm 2015; đồng thời kiên quyết loại bỏ, không cho phép đầu tư xây dựng các dự án hiệu quả thấp, tác động tiêu cực đối với MT-XH hoặc ảnh hưởng các quy hoạch khác.
Về thông báo trước khi xả lũ, một số tỉnh khu vực miền Trung kiến nghị tăng thời gian thông báo trước khi xả lũ trong Quy trình vận hành hồ chứa. Tuy nhiên, do khả năng dự báo cũng như mật độ lưới trạm khí tượng - thủy văn trong khu vực còn hạn chế; sông, suối khu vực này lại có độ dốc lớn, rừng đầu nguồn ngày càng suy giảm, làm tăng tốc độ truyền lũ…nên chưa đủ điều kiện để điều chỉnh. Bộ Công Thương đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo tăng cường thiết bị dự báo và xây dựng thêm các trạm quan trắc khí tượng, thủy văn để vận hành, khai thác các hồ chứa đảm bảo an toàn và nâng cao hiệu quả.