Nguyên nhân không đảm bảo kế hoạch thi công chủ yếu do Tổ hợp Nhà thầu do Tổng Công ty Sông Đà đứng đầu tổ hợp thiếu lực lượng thi công. Bên cạnh đó, còn do các nguyên nhân khác như công tác thiết kế không đảm bảo kế hoạch, ngân hàng giải ngân rất chậm; lực lượng lãnh đạo, kỹ thuật của Ban Điều hành, các nhà thầu còn mỏng, phân công công việc cho các nhà thầu chưa hợp lý. Ngoài ra, do điều kiện địa hình, địa chất phức tạp, điều kiện khí tượng thủy văn khắc nghiệt đã phá huỷ đê quai hạ lưu nhà máy và cầu tạm số nên phải bổ sung cầu ngầm tạm phục vụ giao thông sang bờ phải nhà máy, chưa kể hai tuyến đường giao thông vào công trường cũng chưa hoàn thành.... Như vậy qua hơn 4 năm triển khai, khối lượng thực hiện dự án không đáng kể, thậm chí nhiều hạng mục chưa triển khai thi công được. Do đó, việc đưa công trình vào vận hành năm 2012 theo Thiết kế kỹ thuật giai đoạn 2 đã duyệt cũng như theo Quy hoạch điện VI là không thực hiện được. EVN phải hiệu chỉnh Tổng tiến độ thi công cho phù hợp với điều kiện thực tế. Tuy nhiên nếu Tổng thầu và các nhà thầu trong tổ hợp, cơ quan tư vấn không tập trung cao độ nhân lực, thiết bị và cán bộ chỉ huy để bù vào khối lượng đã bị chậm thì dự án cũng khó hoàn thành các mốc tiến độ theo Tổng tiến độ thi công hiệu chỉnh đã được phê duyệt.
Theo đánh giá của EVN, với tiến độ như hiện nay, phải đến cuối tháng 12/2014 dự án mới phát điện tổ máy 1 và cuối tháng 4/2015 phát điện tổ máy 2, chậm 28 tháng so với tiến độ phát điện trong Tổng sơ đồ VI đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Dự án thuỷ điện Huội Quảng nằm trên sông Nậm Mu, cụm đầu mối nằm tại xã Khoen On, huyện Than Uyên, tỉnh Lai Châu. Khu vực nhà máy và trạm phân phối điện ngoài trời thuộc địa phận xã Chiềng lao, huyện Mường La, tỉnh Sơn La. Tổng mức đầu tư dự án là 11.772 tỷ đồng (kể cả chi phí bồi thường, di dân tái định cư). Tổng số hộ dân phải di dời là 842 hộ với 825 hộ của huyện Than Uyên (Lai Châu) và 17 hộ của huyện Mường La (Sơn La) do UBND tỉnh Lai Châu làm chủ đầu tư dự án di dân tái định cư. Hiện nay, UBND tỉnh Lai Châu đã di chuyển được 148/770 hộ vùng lòng hồ. Theo kế hoạch tỉnh Lai Châu sẽ hoàn thành di dân vùng lòng hồ cuối năm 2011./.