Thủy điện là một nguồn năng lượng tái tạo (thải rất ít khí thải nhà kính so với phương thức sản xuất điện khác, nhỏ hơn 10 lần so với các nhà máy tuốc bin khí chu kỳ hỗn hợp và 25 lần so với các nhà máy nhiệt điện than). Về mặt kinh tế, việc đầu tư NMTĐ có hiệu quả kinh tế cao. Thủy điện có công suất càng lớn, địa hình tốt thì suất đầu tư thấp, với suất đầu tư bình quân 25 tỷ đồng/MW thì chỉ 8-10 năm sẽ thu hồi vốn. Tuy nhiên, việc xây dựng các NMTĐ sẽ gây ra những hiểm họa khôn lường khi đơn vị quản lý vận hành hồ chứa và chính quyền địa phương chưa phối hợp đồng bộ để người dân vùng hạ du có đầy đủ kiến thức về xả nước hồ chứa vào mùa mưa lũ.
Chính sách năng lượng quốc gia đã lấy phương châm "ưu tiên phát triển thủy điện" làm cơ sở cho mục tiêu toàn cục xuất phát từ đặc điểm quan trọng của nguồn nước Việt Nam, là giá trị sử dụng tổng hợp nguồn nước rất cao. Hơn nữa, nền kinh tế nước ta từ đầu thế kỷ XX đến nay, cơ bản là nền kinh tế nông nghiệp, nông dân chiếm gần 80% dân số, nên nhu cầu nước cho nông nghiệp và phát triển nông thôn chiếm phần lớn nhu cầu nước quốc gia. Đồng thời, nước ta lại nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa, nên thiên tai thường xuyên đe dọa. Vì vậy, ngay khi xây dựng những công trình thủy điện lớn, đôi khi nhiệm vụ quan trọng nhất không phải là thủy điện, mà là nhiệm vụ chống lũ, cấp nước, như các công trình thủy điện Hòa Bình, Tuyên Quang, Sơn La, Thác Bà… (miền Bắc); Trị An, Đại Ninh… (miền Nam) và nhiều công trình khác ở miền Trung và Tây Nguyên.
Hầu hết các dự án thủy điện đều tạo nguồn cung cấp nước tưới cho các khu vực, lớn hay nhỏ tùy theo nhu cầu địa phương, như các dự án thủy điện Hòa Bình, Thác Bà, Tuyên Quang, Trị An… tuy không có hệ thống tưới trực tiếp, nhưng tạo nguồn nước, nhất là các tháng mùa kiệt, cho hạ lưu sông Hồng, sông Đồng Nai, lấy nước tưới cho nông nghiệp. Tối thiểu 55% sản lượng lương thực phụ thuộc vào hệ thống tưới mà được tạo nguồn nước từ các dự án thủy điện. Hiệu ích cấp nước cho sản xuất lương thực cũng là "hiệu ích xóa đói, giảm nghèo" mà các nước trên thế giới quan tâm. Bên cạnh đó, hồ chứa thủy điện còn là nguồn nước lớn phục vụ cho cấp nước công nghiệp và dân sinh. Điển hình như NMTĐ Trị An, hồ chứa có nhiệm vụ cấp nước cho công nghiệp và dân sinh của TP Hồ Chí Minh, Biên Hòa, Vũng Tàu, đồng thời góp phần đẩy mặn cho hạ du. Thủy điện Hòa Bình không chỉ có chức năng phát điện mà còn là công trình có chức năng cứu hạn vào mùa khô, điều tiết lũ vào mùa lũ…
Theo Hội đồng Nước thế giới (WWC), hiện nay có khoảng 26 nước, với tổng số 300 triệu dân được coi là khan hiếm nước và dự kiến đến 2050 sẽ là 66 nước, nghĩa là 2/3 dân số thế giới sẽ thiếu nước. Việt Nam không nằm ngoài danh sách trên. Vì vậy, hồ chứa thủy điện sẽ là đóng góp quan trọng cấp nước cho sản xuất nông nghiệp, công nghiệp và dân sinh, vì hiện chưa có phương án thay thế cho phương án hiện tại. Tuy nhiên, có ý kiến cho rằng, để lấy mặt bằng xây dựng các công trình thủy điện, thủy lợi, mở đường vào các công trình, có mặt bằng xây dựng các khu tái định cư cho người dân thuộc phạm vi di dời... rừng già đã bị tàn phá là một trong những nguyên nhân gây lũ. Ở một khía cạnh nào đó, điều này không sai. Tuy nhiên, trên thực tế, công trình hồ chứa thủy điện cũng được các nhà khoa học đánh giá góp phần làm giảm tổn thất lũ hàng năm.
Những năm gần đây, tại nhiều địa phương có một số công trình thủy điện cùng đi vào hoạt động cùng tham gia điều tiết lũ bằng việc vận hành hồ chứa thủy điện. Do đó, ngày 13-10-2010, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định 1880/QĐ-TTg về quy trình vận hành liên hồ. Trên cơ sở đó các cơ quan chức năng của địa phương phải làm việc với chủ đầu tư các dự án thủy điện để bảo đảm an toàn cho việc vận hành các hồ thủy điện, góp phần điều tiết lũ cũng như giảm thiệt hại tối đa cho người dân vùng hạ du. Ví dụ tại tỉnh Phú Yên, ngoài việc thực hiện quyết định của Thủ tướng Chính phủ về quy trình vận hành liên hồ chứa, địa phương đã phối hợp với các nhà máy thủy điện để xây dựng và triển khai phương án phòng, chống lũ lụt vùng hạ du do xả lũ hồ chứa hay sự cố đập thủy điện. Trong đó có việc xây dựng bản đồ ngập lụt cho Phú Yên, lắp đặt thử nghiệm 5 trạm cảnh báo xả lũ trên sông Ba. Tại mỗi trạm được lắp đặt một bộ cảm ứng kích hoạt tự động, gắn với một loa công suất lớn, kết nối với Thủy điện sông Ba Hạ. Trước và trong quá trình xả lũ, hệ thống này sẽ thông báo để chính quyền và nhân dân vùng hạ lưu biết, có phương án phòng tránh hiệu quả… Tuy nhiên có thể thấy hiện nay sự phối hợp giữa các địa phương với chủ đầu tư các dự án thủy điện là chưa chặt chẽ, đồng bộ, đặc biệt là trong việc vận hành các hồ chứa thủy điện. Đây là vấn đề cần nhanh chóng khắc phục để có thể nâng cao hiệu ích của các công trình thủy điện trong phục vụ phát triển kinh tế, xã hội cũng như bảo đảm an toàn hoạt động sản xuất và đời sống của người dân.