Bộ Công Thương đã có đề nghị với UBND tỉnh Lai Châu không đưa vào quy hoạch bổ sung thuỷ điện vừa và nhỏ của tỉnh 13 dự án nằm trong diện tích rừng Khu bảo tồn thiên nhiên Mường Nhé vì việc chuyển đổi mục đích sử dụng rừng để xây dựng các DA này thuộc thẩm quyền Thủ tướng Chính phủ quyết định; 2 dự án thủy điện Nậm Cuội và Nậm Khăn có vị trí xây dựng bị ngập dưới mực nước dâng bình thường của hồ chứa thuỷ điện Sơn La, dự án Nậm Khi bị ngập dưới mực nước dâng bình thường của hồ chứa thuỷ điện Bản Chát.
Quy hoạch thủy điện vừa và nhỏ tỉnh Lai Châu giai đoạn 2005 – 2010 đã xác định xây dựng 45 công trình thủy điện có quy mô công suất từ 1 – 30 MW, tổng công suất 384,56 MW.